Je neemt in Anderson & The Legacy Of Cthulhu is gebaseerd de 'Arkham Cycle' en de 'Cthulhu Stories' afkomstig van de horrorschrijver H.P. Lovercraft. In de game neem je de rol aan van Robert D. Anderson, een privé detective uit New York. Hij reist naar Duitsland in de eerste maanden van de Tweede Wereldoorlog, om een beangstigende zaak op te lossen, en zo te ontdekken waar hij vandaan komt.
Aangekomen in het kasteel van zijn voorouders ontdekte hij een geheime kult in de SS, genaamde “De orde van de zwarte zon”. Deze sociëteit is bezig met het gebruiken van krachtige geheimen en brengt daarmee de mensheid in gevaar. Door vele ingewikkelde puzzels op te lossen moet de speler het mysterie ontrafelen.
