Jimmy Neutron Boy Genius /PC

Een compleet andere versie van het spel werd ontwikkeld door AWE Games voor PC. Net als de consoleversies is het een 3D-spel, maar deze versie is meer een open wereldtitel met gebieden die kunnen worden verkend, zoals Jimmy's House and Neighborhood, Jimmy's Lab, Retroville Elementary School, Retroland, Area 51 en Downtown Retroville. Deze gebieden kunnen meestal worden betreden via verbonden sites, maar als deze gebieden worden bezocht, kan Jimmy telefooncellen gebruiken om snel naar deze gebieden te reizen. Het besturingssysteem is anders en is afgestemd op toetsenbord- en muisbesturing. Naast het hoofdplot zijn er verschillende zijmissies die spelers aanmoedigen om te verkennen. Er zijn ontsnapte vleesetende planten en T-Rexen die Jimmy met zijn krimpstraal moet gebruiken om ze te verzamelen en terug te brengen naar zijn lab. Er zijn ook rode en blauwe neutronen verspreid over de wereld. Blauwe neutronen dienen als brandstof voor Jimmy's jetpack, terwijl rode neutronen dienen als een soort speciaal verzamelobject dat te vinden is op obscure of moeilijk bereikbare plaatsen. Naarmate het spel vordert, krijgt Jimmy toegang tot verschillende uitvindingen die zijn voortgang bevorderen en verdere verkenning aanmoedigen. De meeste van deze uitvindingen bevatten optionele tutoriallevels die spelers leren hoe ze ze moeten gebruiken. Het gebruik van al deze uitvindingen is noodzakelijk om alle Red Neutrons in elke omgeving te vinden en het spel te voltooien. Het meest opvallende is dat Rob Paulsen, ondanks dat hij zijn rol in de consoleversies niet opnieuw vertolkt, zijn stem leent aan deze versie van het spel.