In het stralende licht van de neonborden zorgt technologische vooruitgang ervoor dat de mens verzwolgen wordt door commercieel gemak. In de schaduwen dreigt een oorlog uit te breken tussen de Yatagarasu en de Phantom Society, Devil Summoners die de bovennatuurlijke krachten van 'Demonen' aanwenden.
In de geheime zee van data van de mensheid heeft een digitale collectieve geest een bewustzijn ontwikkeld: Aion. Aion observeert de mensheid van een afstandje en concludeert dat er een wereldbedreigende ramp staat te gebeuren. Om dit te bestrijden, creëert Aion twee agenten: Ringo en Figue.
Samen moeten deze agenten van Aion voorkomen dat een onbetekenende gebeurtenis zal leiden tot de ondergang van de wereld.